Cái này mình nói theo kinh nghiệm của mình thôi nhé, chưa test
Thứ nhất, khi bạn cắm 2 ổ cứng, BIOS sẽ cho bạn setting ổ nào được boot ưu tiên trước, tức là đưa ổ đó lên đầu sau đó có ổ thì nó sẽ boot vào ổ này trước, ổ kia sau. Nên nếu ví dụ bạn muốn dùng Win thì boot ổ 1, muốn dùng Mac thì boot vào ổ 2.
THứ hai, hình như Clover có chế độ quét phân vùng, nếu muốn boot Mac, set ổ Mac lên đầu để được ưu tiên boot, cài Clover vào. Check xem nó có quét ra ổ Win bên ổ kia ko?

Còn việc cài lại WIn thì đừng có đụng gì vào phân vùng Win thôi. Khỏi lo mất dữ liệu, nếu mất boot thì repair lại dễ dàng thôi.
Mình chỉ nói theo lí thuyết thôi còn đc hay ko thì mình ko chắc, bạn test thử